十三碑亭位于孔庙第六进院落的东西两门之间，亦即大成门前东西两侧院内。道南8座，道北5座，参差错落，两行排列。十三碑亭均为木构，呈正方形，重檐八角，彩绘斗拱。十三碑亭中，矗立着唐、宋、元、明、清各个朝代的各类御碑53方，充分表现了孔子在封建社会的崇高地位。